景区内的莫斯卡沟自北而南流入磨子沟，继而进入革什扎河。保护区以莫斯卡沟流域范围为主，北与错郎沟分水岭为界，西以与丹东河之间的分水岭为界；南以拉龙沟为界东则以莫斯卡沟与阿科里沟的分水岭为界，总面积达13700ha。 莫斯卡自然保护区内出露地层由三叠系中统杂谷脑组之海相碎屑岩与泥质岩组成，地层倾向北东，形成明显的单面山地貌，莫斯卡沟左岸（东岸）陡而短，右岸
